Բաժնույթների բաժնի պատմությունը սկսվում է 1928 թվականից: Գրադարանի տնօրեն Երվանդ Թաղիանոսյանը դիմել է Մոսկվայի Պետական գրադարանի ղեկավարությանը իրենց ֆոնդերից հայ ընթերցողներին օգտվելու հնարավորություն ընձեռելու համար: 1934 թվականից կապեր են հաստատվել ՍՍՀՄ հանրապետությունների կենտրոնական գրադարանների հետ միջգրադարանային բաժնույթի միջոցով: 1969 թվականից ՍՍՀՄ Կուլտուրայի մինիստրության կողմից հաստատվել է միջգրադարանային բաժնույթի նոր կանոնադրությունը «ՄԳԱ-ի համապետական միասնական սիստեմի մասին»:
1970թ. տնօրինության և բաժնի աշխատողների ջանքերով ստեղծվել է միջազգային միջգրադարանային բաժնույթը
2003թ. Մոսկվայի Պետական գրադարանից ստացվել է միջգրադարանային բաժնույթից օգտվելու մասին փաստաթուղթ, որի համաձայն վերականգնվել են միջգրադարանային կապերը ԱՊՀ երկրների հետ:
Ներկայում գրադարանի բաժնույթների սպասարկումն իրականացվում է միջգրադարանային, անհատական և ներքին վճարովի բաժնույթների միջոցով:
Միջգրադարանային բաժնույթը հնարավորությունն է տալիս տարբեր գրադարանների օգտվելու Հայաստանի ազգային գրադարանի հարուստ գրքային հավաքածուից` ըստ սահմանված կարգի: Միջգրադարանային բաժնույթից կարող են օգտվել Հայաստանի Հանրապետության և ԼՂՀ-ի մարզային և համայնքային բոլոր գրադարանները,պետական և ոչ պետական բուհերի գրադարանները, այլ հաստատություններ: Վերոնշյալ հաստատությունների հետ կնքվում է պայմանագիր 1 տարի ժամկետով, տարեկան մինչև 20.000դրամ սակագնով: Միջգրադարանային բաժնույթով բաժանորդին տրամադրվում է 10 միավոր գիրք, 1 ամիս ժամկետով:
Միջազգային բաժնույթի միջոցով Հայաստանի Հանրապետության գրադարաններում բացակայող գրքերը պատվիրվում և ստացվում են այլ երկրների գրադարաններից:
Անհատական բաժնույթից կարող են օգտվել գրադարանի ընթերցողները: Անհատական բաժնույթից օգտվելու թույլտվությունը տրվում է Հայաստանի ազգային գրադարանի տնօրենի կողմից՝ ընթերցողի գրավոր դիմումի հիման վրա: Թույլտվություն ստացած յուրաքանչյուր բաժանորդի հետ կնքվում է պայմանագիր:
Անհատական բաժնույթից օգտվելու համար բաժանորդը պարտավոր է 1 տարվա համար վճարել 10.000 դրամ, 6 ամսվա համար՝ 6000 դրամ, 3 ամսվա համար՝ 3000 դրամ,մեկ ամսվա համար՝1500 դրամ:
Բաժնույթով միաժամանակ կարելի է զբաղեցնել ոչ ավել, քան 2 գիրք,յուրաքանչյուրը՝ 15 օր ժամկետով:
Անհատական, միջգրադարանային և ներքին բաժնույթով չեն տրվում լրագրերը, հին հրատարակությունները (մինչև 1925 թվականը),տեղեկատու հրատարակությունները, հանրագիտարանները, բառարանները, ատենախոսությունները, գլխավոր գրապահոցի միակ օրինակները, ինչպես նաև վերատպությունները, գծագրեր պարունակող գրքերն ու ոչ գրքային հրատարակությունները: